食品科學系

設立宗旨：
　　本系是為了提振及發展金門地區高粱酒等食品產業且預為生技產業作準備而設立。另課程著重資訊應用及生物資源開發、吸收最新食品資訊能力及生物技術基礎的專業人才，以符合新世紀的產業需求。
　　本系教學著重培養食品工業技術人才，期能擔負食品之加工、製造、分析、檢驗、管理和生產等任務。本系也以「培養五育均衡發展、理論與實務兼具之國際化專業人才」具有高度關聯性，且呼應理工學院的教育目標「培養具備基礎科學知識以及專業技能，同時尊重多元文化及兼具國際視野之優秀人才」為教育目標與學校教育目標。
本系也針對地方傳承永續發展且創造文化特色以下列三項目標培育人才。
(一)針對島嶼農業特產，培育農產品加工之人才。
(二)配合地區特色，培養酒類、生產和分析之人才。
(三)配合國家發展計劃，培養食品工業之基礎技術人才。